La CNCE es un organismo desconcentrado que funciona en el ámbito de la SECRETARÍA DE COMERCIO EXTERIOR del MINISTERIO DE ECONOMÍA Y FINANZAS PÚBLICAS.
Actúa como autoridad de aplicación y como centro de investigación y seguimiento en temas relativos al comercio y política comercial internacionales. Sus acciones específicas resultan complementarias de las competencias de otras áreas del gobierno orientadas al comercio exterior.
La Comisión ha sido creada como un espacio profesional idóneo para una aplicación de los instrumentos contra la competencia desleal en el comercio internacional y de las salvaguardias basadas en la consideración de los intereses definidos por las políticas de Estado, la racionalidad económica y acorde con los compromisos asumidos en la OMC.